При формировании поступления товаров на оптовый склад на сумму поступления и перемещения в НТТ на сумму продажи на счет 42 падает вся сумма перемещения:
41.12 41.01 — пустое значение
41.12 42.02 — сумма указанная в документе перемещения «цена в рознице»
По настройкам все нормально, так как создали новую пустую базу с теми же настройками учетной политики и параметров учета и наценка делится нормально.