Организацией, применяющей УСН и исполняющей обязанности экспедитора в рамках договора транспортной экспедиции, при определении налоговой базы учитываются суммы доходов в виде вознаграждения по договору, то есть без учета суммы возмещения затрат, осуществленных организацией — экспедитором за грузоотправителя или грузополучателя — клиента, в том числе и по договорам с другими организациями — экспедиторами.
При этом если организация — экспедитор оказывает клиенту дополнительные услуги (хранение груза, осуществление погрузо-разгрузочных работ), плата за их выполнение включается в состав доходов.
Такие разъяснения можно найти в письме Минфина РФ № 03-11-06/2/252 от 01.12.2009.