ООО приобрело долги банкрота, уплатило вознаграждение в том числе НДС, ООО на этот период было на УСН.

Сейчас, банкрот рассчитывается с ООО и ООО желает поставить суммы НДС ранее уплаченные при УСН к возмещению. Сейчас ООО на ОСНО.

Таким образом

Счет-фактура от продавца был выставлена когда ООО было на УСН

Оплата была сразу же, когда ООО было на УСН, в том числе НДС