Да, должна.
При товарообменных операциях, зачете взаимных требований и расчетах векселями суммы НДС, предъявленные друг другу сторонами сделки, должны быть уплачены в денежной форме (абз. 2 п. 4 ст. 168 НК РФ). Никаких исключений для фирм, применяющих упрощенку, законодательством не предусмотрено. Поэтому если в стоимости товаров (работ, услуг) поставщик предъявил к оплате НДС, то при проведении с ним неденежных расчетов перечислите сумму налога отдельным платежным поручением. Аналогичная точка зрения отражена в письме Минфина России от 24 мая 2007 г. № 03-07-11/139.
Внимание!
Если фирма не выполнит это требование, при проверке налоговая инспекция может признать неправомерным уменьшение налоговой базы по единому налогу на сумму «входного» НДС. Как следствие, у фирмы возникнет недоимка, на которую начислят пени и штрафы (ст. 75 и 122 НК РФ). Такие претензии могут быть предъявлены к фирме, которая рассчитывает единый налог с разницы между доходами и расходами.
Если фирма рассчитывает единый налог с доходов, то никакой ответственности за неуплату НДС в денежной форме законодательством не предусмотрено.