Фирма применяет упрощенку. Объект налогообложения — разница между доходами и расходами.

Да, можно.

Счет-фактура — это документ, необходимый для того чтобы принять «входной» НДС к вычету (п. 1 ст. 168 НК РФ). Правом на налоговый вычет по НДС фирмы, применяющие упрощенку, не обладают. Это следует из положений пункта 2 статьи 346.11 Налогового кодекса РФ. Поэтому сумму «входного» НДС можно списать на расходы даже без счета-фактуры. Например, если НДС выделен в накладной или в акте. Главное, чтобы затраты, на сумму которых покупателю предъявлен НДС, были включены в перечень расходов, который приведен в статье 346.16 Налогового кодекса РФ. А также чтобы эти расходы были экономически оправданны и документально подтверждены (п. 2 ст. 346.16, ст. 252 НК РФ).