В случае выставления лицами, не являющимися плательщиками НДС, или налогоплательщиками, освобожденными от исполнения обязанностей налогоплательщиков данного налога, покупателю счета-фактуры с выделением суммы НДС, вся сумма налога, указанная в данном счете-фактуре, подлежит уплате в бюджет.
Об этом напоминает Минфин РФ в письме № 03-11-11/280 от 21.09.2012.
При этом суммы НДС, выделенные в счетах-фактурах, выставленных покупателям товаров (работ, услуг) налогоплательщиками, применяющими упрощенную систему налогообложения, и уплаченные ими в бюджет, при определении налоговой базы в составе расходов не учитываются.