Как правило, заработная плата за вторую половину месяца выдается уже в следующем месяце. Поэтому зарплата за декабрь, являющийся последним месяцем применения общего режима налогообложения, будет выплачена в январе, то есть уже после перехода на применение «упрощенки».
Если организация учитывала доходы и расходы в целях налогообложения методом начисления, то декабрьская зарплата уже включена в состав расходов за прошедший год. Поэтому в январе сумму заработной платы, выплаченной за декабрь, учитывать в составе расходов не следует. Не нужно включать в расходы и сумму НДФЛ, удержанную с декабрьской зарплаты.