Автономным учреждением признается некоммерческая организация, созданная РФ, субъектом РФ или муниципальным образованием для выполнения работ, оказания услуг в целях осуществления предусмотренных законодательством РФ полномочий органов государственной власти, полномочий органов местного самоуправления в сферах науки, образования, здравоохранения, культуры, социальной защиты, занятости населения, физической культуры и спорта, а также в иных сферах.
В соответствии НК РФ налогоплательщиками УСН признаются организации и ИП, которые не являются бюджетными организациями и средняя численность работников, которых за налоговый (отчетный) период не превышает 100 человек.
Таким образом, автономное учреждение, применяющее УСН, теряет право на ее применение, если численность работников превысит 100 человек.
Такие разъяснения привели специалисты УФНС по Красноярскому краю со ссылкой на письмо ФНС РФ от 09.07.2010 №ШС-37-3/6334@.