Автономное учреждение не является бюджетным учреждением, следовательно, ограничения подпункта 17 пункта 3 статьи 346.12 Кодекса, установленные в отношении бюджетных учреждений по применению упрощенной системы налогообложения, к автономным учреждениям не применяются.
Такое мнение высказали специалисты Минфина России в письме от 28 июля 2008 г. № 03-11-03/15.