Что делать, если на УСН были платежи с выделенным НДС?

УСН.

Налоговая инспекцию нас вызвала на комиссию по рассмотрению налоговых рисков.

Причина в следующем, за период с 2008-2009 года, были платежи с выделенной суммой НДС, хотя счета были без НДС.

Какие могут возникнуть проблемы?
Павел