В сентябре 2008 года заключен договор с ООО на оказание услуг (причем, как с физическим лицом). В августе 2008 года было оформлено ИП на УСН «Доходы», открыт расчетный счет.

Что я должен платить 6% или 13% (НДФЛ)?

ККТ не применялось, договор и платежи от ООО окончились в январе 2009 года.

Как мне все это отразить в книге учета доходов и расходов?

Может, какой нибудь приходный ордер выписать? Деньги получались по распискам.

Антон