При переходе на упрощенку фирма восстановила и перечислила в бюджет НДС с остаточной стоимости основных средств

На этот счет существуют две точки зрения.

Согласно первой точке зрения, «входной» НДС по основным средствам, по которым налог был восстановлен при переходе на упрощенку, зачесть нельзя. Это связано с тем, что вычеты сумм НДС, предъявленные при приобретении основных средств, производятся в полном объеме после принятия их на учет (п. 1 ст. 172 НК РФ). Комментируя аналогичные ситуации, такие разъяснения дает налоговое ведомство (письма ФНС России от 24 ноября 2005 г. № ММ-6-03/988, от 24 ноября 2004 г. № 03-1-08/2367/45).

Согласно второй точке зрения, основные средства после перехода на общую систему налогообложения будут использоваться в облагаемых НДС операциях. Следовательно, НДС поставить к вычету можно (п. 2 ст. 171 НК РФ). Такой вывод сделал Минфин России в письме от 26 апреля 2004 г. № 04-03-11/62.

В этих условиях решение о повторном возмещении восстановленного НДС фирма должна принять самостоятельно. Не исключено, что решение, основанное на точке зрения Минфина России, придется отстаивать в суде.