Да, может.

Вычетам подлежат суммы НДС, уплаченные по товарам, которые используются для операций, облагаемых этим налогом. Если фирма — плательщик НДС экспортировала товар, облагаемый по нулевой ставке, она имела право на вычет «входного» НДС. Представив в течение 180 дней документы, предусмотренные статьей 165 Налогового кодекса РФ, фирма вправе требовать возмещения этого налога из бюджета. Даже если правомерность применения нулевой налоговой ставки НДС была подтверждена после перехода на упрощенку.

Этот вывод подтверждает и судебная практика (постановления ФАС Северо-Западного округа от 13 февраля 2006 г. № А66-8175/2005 и Дальневосточного округа от 6 апреля 2006 г. № Ф03-А73/06-2/577).