В случае если директор вашей организации прошел обучение по программе МВА, то расходы организации на оплату услуг образовательного учреждения могут учитываться при определении налоговой базы по УСН при наличии заключенного договора с образовательным учреждением, имеющим соответствующую лицензию. Проезд директора до места учебы можно учесть только при наличии справки-вызова от образовательного учреждения.
При этом расходы на выплату суточных работнику, проходящему обучение по программе дополнительного к высшему образования, а также оплата его проживания по месту учебы в расчете налоговой базы не учитываются.
Что касается НДФЛ, то им не облагаются суммы платы за обучение налогоплательщика по основным и дополнительным общеобразовательным и профессиональным образовательным программам, его профессиональную подготовку и переподготовку в российских образовательных учреждениях, имеющих соответствующую лицензию, либо иностранных образовательных учреждениях, имеющих соответствующий статус. Такие разъяснения дал Минфин в своем письме №03-11-06/2/48 от 23.03.2009.