Нет, не должна, если считает, что соблюдены все условия применения упрощенки.

По Налоговому кодексу РФ в установленные сроки перед началом применения упрощенки фирма должна подать соответствующее заявление в налоговую инспекцию (абз. 1 п. 1 ст. 346.13 и абз. 1 п. 2 ст. 346.13 НК РФ). О том, что налоговая инспекция должна подтвердить (или опровергнуть) такое право фирмы, в кодексе не сказано (ст. 346.13 НК РФ). Значит, переход на упрощенку носит уведомительный, а не разрешительный характер.

Поэтому, если фирма получила от налоговой инспекции уведомление о невозможности применения упрощенки, она может начать применять спецрежим. При этом нужно быть готовым отстаивать свою позицию при налоговой проверке (постановление ФАС Западно-Сибирского округа от 21 сентября 2006 г. № Ф04-6066/2006 (26518-А27-29)).