ООО находится в Подмосковье и зарегистрировано в Подмосковной налоговой инспекции

Торговля ведется в Москве, в торговых центрах.

В Москве, насколько мне известно, ЕНВД на розничной торговле нет, а в Подмосковье есть.

Куда сдавать отчетность и какие налоги платить?