Согласно действующему законодательству не вправе применять УСН организации, в которых доля участия других организаций составляет более 25%. Однако, данное ограничение не распространяется на некоммерческие организации, в том числе организации потребительской кооперации, а также хозяйственные общества, единственными учредителями которых являются потребительские общества и их союзы.
Таким образом, сельскохозяйственные потребительские кооперативы, осуществляющие свою деятельность в как некоммерческие организации, в которых доля участия других организаций составляет более 25%, вправе применять УСН при условии соблюдения всех требований, установленных главой 26.2 НК РФ.
В связи с тем, что сельскохозяйственные производственные кооперативы являются коммерческими организациями, в случае, если доля участия других организаций у них составляет более 25%, данные кооперативы не могут применять УСН.
Такие пояснения даны в типовых вопросах и ответах на сайте ФНС РФ.