Если налогоплательщик, перешедший на УСН, выставил покупателю счета-фактуры с выделением суммы НДС, вся сумма налога, указанная в этом счете-фактуре, подлежит уплате в бюджет.
Если НДС был исчислен и уплачен в бюджет до перехода на УСН с сумм оплаты, полученной в счет предстоящих поставок, осуществляемых в период после перехода на данную систему налогообложения, то такие суммы налога подлежат вычету в последнем налоговом периоде, предшествующем месяцу перехода на УСН.
Для этого у налогоплательщика должны быть документы о возврате сумм налога покупателям в связи с переходом организации на данную систему налогообложения. (Письмо Минфина РФ от 01/04/2008 N 03-11-05/78)